merhaba, linux kullanmakta ve aslında bu alanda yeniyim, biyoinformatik master yapmaya başladım. Coverage hesaplamak için bağlandığım bir serverda sh dosyası oluşturdum ve içine şunları yazdım.
"#!/bin/bash
filename=$1
reference=/mnt/xxx/share/ref/genomes/hsa/hs37d5.fa
samtools view ${filename} -F 4 -q 30 -b > ./${filename}.f.bam
genomeCoverageBed -ibam ${filename}.f.bam -g ${reference} > ${filename}.cov
coverage=$(grep genome ${filename}.cov | awk '{NUM+=$2*$3; DEN+=$3} END {print NUM/DEN}')
echo -e "${filename},${coverage}" >> coverages.txt"
burada filenames olan kısımda yine server içindeki başka bir dosyanın içinden bam dosyasını belirterek yazıp çalıştırmaya çalıştığımda şunlarla karşılaşıyorum.
$ sh ./coverage.sh /mnt/NEOGENE2/share/compevo_rawdata/hsa/mergedbams/Ash129_2019.merged.hs37d5.fa.cons.90perc.bam
./coverage.sh: 7: cannot create .//mnt/NEOGENE2/share/compevo_rawdata/hsa/mergedbams/Ash129_2019.merged.hs37d5.fa.cons.90perc.bam.f.bam: Directory nonexistent
./coverage.sh: 8: cannot create /mnt/NEOGENE2/share/compevo_rawdata/hsa/mergedbams/Ash129_2019.merged.hs37d5.fa.cons.90perc.bam.cov: Permission denied
grep: /mnt/NEOGENE2/share/compevo_rawdata/hsa/mergedbams/Ash129_2019.merged.hs37d5.fa.cons.90perc.bam.cov: No such file or directory
awk: cmd. line:1: fatal: division by zero attempted
sorunun ne olduğunu anlayamadım yardımcı olabilirseniz sevinirim.
Bu arada yukarıda serverda oluşturduğum sh dosyası coverage.sh, sh ./dan sonra onu yazıyorum
"#!/bin/bash
filename=$1
reference=/mnt/xxx/share/ref/genomes/hsa/hs37d5.fa
samtools view ${filename} -F 4 -q 30 -b > ./${filename}.f.bam
genomeCoverageBed -ibam ${filename}.f.bam -g ${reference} > ${filename}.cov
coverage=$(grep genome ${filename}.cov | awk '{NUM+=$2*$3; DEN+=$3} END {print NUM/DEN}')
echo -e "${filename},${coverage}" >> coverages.txt"
burada filenames olan kısımda yine server içindeki başka bir dosyanın içinden bam dosyasını belirterek yazıp çalıştırmaya çalıştığımda şunlarla karşılaşıyorum.
$ sh ./coverage.sh /mnt/NEOGENE2/share/compevo_rawdata/hsa/mergedbams/Ash129_2019.merged.hs37d5.fa.cons.90perc.bam
./coverage.sh: 7: cannot create .//mnt/NEOGENE2/share/compevo_rawdata/hsa/mergedbams/Ash129_2019.merged.hs37d5.fa.cons.90perc.bam.f.bam: Directory nonexistent
./coverage.sh: 8: cannot create /mnt/NEOGENE2/share/compevo_rawdata/hsa/mergedbams/Ash129_2019.merged.hs37d5.fa.cons.90perc.bam.cov: Permission denied
grep: /mnt/NEOGENE2/share/compevo_rawdata/hsa/mergedbams/Ash129_2019.merged.hs37d5.fa.cons.90perc.bam.cov: No such file or directory
awk: cmd. line:1: fatal: division by zero attempted
sorunun ne olduğunu anlayamadım yardımcı olabilirseniz sevinirim.
Bu arada yukarıda serverda oluşturduğum sh dosyası coverage.sh, sh ./dan sonra onu yazıyorum